El Fondo Mixto de Cultura de Boyacá es una entidad sin ánimo de lucro, de la especie de las fundaciones, creada por el gobierno nacional con participación de recursos públicos y privados . . .
Las salas principales de la Casa Museo Don Juan de Vargas albergan en sus techumbres las mejores muestras de pintura mural existentes en América.
La administración del museo está a cargo del Fondo Mixto de Cultura de Boyacá.